O MikroTik RouteOS é muito capaz, mas definitivamente projetado para instalações menores. Eles estão realmente mirando em hot-spots e pequenos edifícios multi-tenant. O FreeBSD será significativamente mais capaz, configurável e capaz de fornecer maior capacidade.
Quais pontos de dor exatos você está experimentando com seus servidores FreeBSD? Você diz que quer "melhorar a administração do servidor", mas isso realmente não significa nada.