Usar o LoadFile vs linking diretamente é a melhor prática recomendada pelo Apache. Realmente, tudo se resume a dois problemas:
1) Conflitos com outros módulos podem causar estranhos e difíceis diagnósticos de efeitos colaterais e tornar a ordem das diretivas LoadModule importantes.
2) A versão da biblioteca pode fazer com que dois módulos carreguem duas versões diferentes, o que pode sobrecarregar a tabela de símbolos e causar uma séria perda de cabelo, tentando diagnosticar o problema quando houver falhas.
Realmente, o PCRE também deve estar lá, mas o Apache carrega isso internamente, o que mais frequentemente é a causa de uma falha. Procure nos arquivos da lista de e-mails a lista de usuários do modsecurity e você verá várias falhas devido a bibliotecas PCRE incompatíveis. O uso do LoadFile teria resolvido esses problemas, mas os administradores devem recompilar o Apache com uma biblioteca PCRE externa.