Definir autovacuum para off no postgresql.conf e sinalizar o servidor para recarregar a configuração sempre parou autovacuum na minha experiência. Eu sempre desativo o autovacuum quando faço uma grande restauração do banco de dados, por exemplo.
Onde você está mudando a configuração? Se você estiver fazendo isso no PGAdmin, certifique-se de ter salvo sua alteração antes de sinalizar ao servidor para recarregar a configuração.
Qual é a sua evidência de que o autovacuum não parou? Certifique-se de atualizar qualquer tela no pgAdmin, que informa sobre os processos em execução quando você faz alterações. Houve algumas vezes em que fui pego pelo PGAdmin não atualizar automaticamente.
Verifique novamente o arquivo postgresql.conf. Se você estiver executando em um ambiente Windows, tente executar "recarregar configuração" como administrador. Tente reiniciar o serviço.
Leia os arquivos de log. Quando você reiniciar o serviço ou recarregar a configuração depois de fazer uma alteração na configuração, a alteração será refletida no log? Deve ser.
Como um esforço de longo prazo, considere atualizar para versões mais recentes do postgreSQL. Em 8.1, o vácuo automático era muito novo; em 8.3 em diante, há melhorias marcantes na maneira como o auto-vacuum funciona, reduzindo o impacto em seu banco de dados.