Não encontrei a atualização sobre a qual você estava falando. Estou tendo o problema depois de atualizar do Ubuntu 14.04 para o 16.04. Eu estou usando o Gimp 2.8.16 e eu tenho esse problema tanto na janela única e no modo de múltiplas janelas. A única solução que eu encontrei é sair e, em seguida, faça o login após a primeira inicialização no sistema operacional. Sugestões são bem vindas.