Eu acho que você percebe que há um problema quando não há nenhum.
Se você tiver muitos arquivos esparsos, seria obviamente ruim se a restauração perder a dispersão e fizer com que seu disco fique cheio.
Mas se um arquivo original não foi escasso e o arquivo restaurado é esparso, não há problema. Os blocos ausentes em um arquivo esparso retornam zero na leitura. Os arquivos que originalmente não eram de reserva contêm blocos grandes de zeros que são blocos esparsos na cópia. Para qualquer aplicativo lendo o arquivo, o resultado é exatamente o mesmo. Exceto a leitura, os blocos esparsos também são mais rápidos, porque a memória é preenchida com zero em vez de ser lida nos discos. Assim, você pode considerar arquivos esparsos, tanto uma otimização do espaço em disco quanto do tempo de acesso. Você pode até mesmo verificar regularmente seus arquivos e tentar convertê-los em arquivos esparsos se achar que vale a pena.
Durante muito tempo não havia como determinar se um bloco de um arquivo está alocado no disco ou não. Recentemente, alguns sistemas de arquivos Linux têm suporte para encontrar blocos esparsos em um arquivo. Se seus aplicativos realmente dependem das informações de dispersão, você pode extrair isso para um arquivo diferente, incluí-lo no backup e restaurar essa dispersão posteriormente.
Mas a maioria dos aplicativos que criam arquivos esparsos não se importam com o conteúdo dos blocos esparsos. Os blocos nunca foram escritos ou não seriam escassos. O aplicativo sabe que não deve esperar dados nesses blocos.
Então, por que exatamente você acha que isso deveria ser um problema?