Você atualizou seu initramfs depois de alterar o controlador de disco? Os módulos do controlador de disco são carregados no início da inicialização (na fase initramfs), portanto, se você não atualizou seu initramfs, é possível que a alteração não tenha entrado em vigor ainda.
Este comando deve executar a atualização do initramfs para você:
# update-initramfs -u -k 4.9.0-4-686-pae