Paramvir,
Se você tiver uma versão funcional do Windows junto com o Ubuntu. Faça o login no Windows e insira uma unidade de CD e use as opções da GUI para reinstalar o sistema operacional Windows.
Provavelmente, ele irá parar de reconhecer o sistema operacional Ubuntu.
Uma maneira simples de corrigir esse problema é que você tem que inicializar o sistema com um CD alternativo do Ubuntu e instalar a Ferramenta de Reparo de Inicialização.
Siga este link para a instalação de reparo de inicialização
Uma vez que você tenha terminado estas etapas, apenas reinicie o sistema e você terá ambos os sistemas operacionais rodando ao lado.