Sim. Você pode criar um certificado que seja bom somente para assinatura de código. Você pode até mesmo inscrever automaticamente os membros de sua equipe nesse certificado para que eles obtenham automaticamente, contanto que você use os Serviços de Certificados do Active Directory em um domínio.
Observea"Assinatura de código" na coluna "Finalidades". Tal certificado não seria utilizável para autenticação de servidor, criptografia EFS, etc. Você pode modificar a segurança desse modelo de certificado de forma que apenas determinados usuários do domínio (por exemplo, sua equipe de desenvolvimento) sejam elegíveis para receber tal certificado.
Eu escrevi um pouco mais sobre a assinatura de scripts do Powershell aqui e aqui .