Eu o instalaria se fosse isso que você está pedindo, pois ele lida com certificados que precisam ser movidos para a Loja não confiável para sua proteção. Acho estranho que o MBSA diga que não é uma atualização necessária. Não importa que o seu uso do IE6, o armazenamento de certificados seja o mesmo, não importa qual seja a sua versão do IE.
link Server 2003 x86
link Server 2003 x64