O Gridengine não parece fornecer nenhum recurso para executar uma determinada tarefa para ser executada como root ou qualquer outro usuário.
Uma maneira de ver isso sendo implementado é se você criou uma fila separada e definiu o shell dessa fila como um comando que inicia um shell como root. Você precisaria então criar um complexo forçado para essa fila para impedir que outros trabalhos fossem executados nele, e os trabalhos que você faz deseja executar nele teriam que solicitar esse complexo.