Você precisa ativar a extensão de serviço da Web do ASP.Net 4.0.
Quando você corre
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\aspnet_regiis.exe -i
isso instala o filtro ISAPI, mas na verdade não o ativa. Nos servidores Windows 2003, você deve realmente executar:
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\aspnet_regiis.exe -i -enable