Você já tentou minha sugestão em sua outra pergunta para instalar o pacote php5-sqlite?
O que você está procurando no php.ini assim que este pacote é instalado é uma linha similar a extension = sqlite.so (o nome do módulo pode ser um pouco diferente).
As opções na seção [sqlite] apenas alteram as opções quando o SQLite está em uso corretamente.
Sim a; na frente de uma linha é um comentário.
O arquivo que você deseja alterar é o que o Apache está usando (se você estiver acessando seu script PHP através de um navegador da Web).