Sua melhor aposta para esse tipo de coisa é descobrir o Windows Powershell. Infelizmente, embora pareça que o trabalho foi feito para você , a curva de aprendizado é bastante íngreme e é improvável que exista uma resposta de linha única para suas necessidades.
Sugiro que comece com o guia de primeiros passos do MSDN , seguido por o blog oficial do Powershell .
Espero que isso ajude.