Atualização: Em outras leituras, parece que você está procurando uma opção por host . Se esse for o caso, infelizmente, o service_inter_check_delay_method é mais de uma configuração global e não tem a granularidade do nível do host que você pode estar procurando, manteremos essa postagem no caso de outras pessoas considerarem útil para suas instalações.
Infelizmente a documentação oficial não foi portada do Nagios 2, mas você pode tentar jogar com a opção service_inter_check_delay_method na sua configuração do Nagios.
Documentos antigos: link
# SERVICE INTER-CHECK DELAY METHOD
# This is the method that Nagios should use when initially
# "spreading out" service checks when it starts monitoring. The
# default is to use smart delay calculation, which will try to
# space all service checks out evenly to minimize CPU load.
# Using the dumb setting will cause all checks to be scheduled
# at the same time (with no delay between them)! This is not a
# good thing for production, but is useful when testing the
# parallelization functionality.
# n = None - don't use any delay between checks
# d = Use a "dumb" delay of 1 second between checks
# s = Use "smart" inter-check delay calculation
# x.xx = Use an inter-check delay of x.xx seconds
service_inter_check_delay_method=s
Então, em vez do método padrão "inteligente", tente algo como service_inter_check_delay_method=60
Observação: o método de verificação inteligente padrão funciona muito bem; se você optar por usar uma verificação de atraso x estático, certifique-se de fazer MUITOS testes para garantir que isso não inunde sua rede de maneiras incomuns e interessantes ...; -)