Esta apresentação parece dizer que o VS2005 ClickOnce não é compatível com FIPS. É um pouco difícil de discernir, mas também talvez indique que VS2008 ClickOnce é. Veja as páginas 3 e 4.
Uma coisa a favor é que ClickOnce não requer administração local, que é um não-não por FDCC. Esta é uma questão interessante (+1) como eu sou um desenvolvedor .NET e implantar via ClickOnce com bastante frequência. Eu continuarei procurando e pensando nisso.