Já passou algum tempo desde que descobrimos o problema, mas finalmente determinamos que ele fosse causado por atualizações do Windows que queriam avisar o usuário e não encontrar um processo de exploração. Normalmente, executamos os aplicativos em um shell personalizado e somente quando não houver nenhum processo explorer.exe, o problema ocorrerá. Nossa resolução foi desativar os prompts de instalação do Windows Update para não administradores.