Asp.net significa IIS. Existem utilitários por aí que podem ser reescritos como mod_rewrite para o Apache. Você precisará encontrar todos os padrões que puder para reescrever do sistema antigo para o novo.
Na última migração de plataforma para o meu trabalho diário, foram necessárias apenas meia dúzia de regras para que tudo fosse feito. O problema é encontrar e mapear isso. Se isso for feito, você deve estar quase lá.
Sem detalhes, provavelmente não poderemos ajudar muito mais.