Me desculpe, eu não tenho um sistema Centos para olhar os pacotes, mas o Centos / RHEL tem boas árvores de dependência de pacotes, e talvez a melhor coisa a fazer é confiar neles. Eu acho muito estranho que você tenha um pacote "mysql". Por favor, veja esta página sobre a instalação do MySQL no Centos.
Restaurar a partir de um dump MySQL é um processo muito confiável. O que eu faria no seu lugar é fazer um mysqldump de todos os seus bancos de dados, remover os pacotes all mysql, e então tentar instalar o php-mysql
e deixe-o trazer o que acha que são os pacotes certos. Então você pode restaurar seus dados do lixo que você fez.