Você conquistou o Confuso pelo uso da memória do Linux !
Os processos não são a única coisa que consome memória no Linux. Os arquivos e entradas de diretório freqüentemente usados são armazenados em cache na RAM - isso porque ler os arquivos da RAM é muito mais rápido do que lê-los do disco. Aposto que você não considerou as colunas buffers e cache enquanto calculava o uso de RAM. Esses também podem ser calculados como RAM livre.
Mas não se preocupe. Esses caches e buffers são automaticamente liberados rapidamente se seus aplicativos realmente precisam dessa RAM.