Não é à toa, mas você não deve fazer nenhum tipo de manutenção em uma caixa que tenha clientes ativos, a menos que tenha agendado e anunciado uma janela de manutenção.
A instalação de novos softwares pode quebrar as coisas, e os clientes tendem a ficar insatisfeitos quando as coisas estão pagando por um intervalo.
No futuro, você deve revisar a documentação de instalação (a Microsoft tem muito disso em seu site) para possíveis efeitos negativos, como reinicializar, e idealmente você testaria em uma caixa de desenvolvimento antes de começar a tocar no hardware de produção.
Para responder à sua pergunta, a única coisa segura a fazer neste momento é colocar o bebê na máquina até chegar a uma janela onde ele possa ser reiniciado sem incomodar seus clientes. Eu não clico no botão "OK" até que você esteja pronto para reiniciar, pois mesmo que ele não acione uma reinicialização imediata, ele pode informar ao Windows que a reinicialização é necessária (e o Windows tem o mau hábito de exibir "O seu computador ser reiniciado em X minutos, se você não me disser para parar "caixas, uma vez que foi dito que precisa reiniciar).