O Apache lê o arquivo de configuração de cima para baixo.
Se um comando correspondente for encontrado (como seu proxypass), ele será executado e o restante do arquivo será descartado.
Para que seu comando Alias seja executado antes do ProxyPass, você precisa colocá-lo em cima do arquivo.
<VirtualHost *:80>
ServerName default
# Directory
DocumentRoot /var/www/default/wwwroot
<Directory /var/www/default/wwwroot>
Options +FollowSymLinks +ExecCGI +Includes
AllowOverride All
Require all granted
</Directory>
Alias /phpredmin /var/www/default/wwwroot/phpredmin/public
<Directory "/var/www/default/wwwroot/phpredmin/">
AllowOverride All
require ip 127.0.0.1
</Directory>
# PHP-FPM Server
<LocationMatch "^/(.*\.php(/.*)?)$">
ProxyPass fcgi://127.0.0.1:9000/var/www/default/wwwroot/$1
</LocationMatch>
# Directory indexes
<IfModule dir_module>
DirectoryIndex index.htm index.html index.shtml index.php index.phtml
</IfModule>
</VirtualHost>