Você parece ter um problema com a SCE, mas não disse por que tem um problema com o WSUS.
É relativamente leve, é facilmente configurável e gerenciável, gratuito com uma licença do Windows Server e é a forma abençoada pelo fornecedor de controlar as atualizações em seu ambiente. O que mais você poderia querer? Pessoalmente, eu realmente não vejo uma razão para usar uma alternativa quando o original é tão fácil quanto é.