Em primeiro lugar, isso está fora do tópico e provavelmente deve ser usado em unix.stackexchange.com.
Dito isto, a configuração para raiz criptografada é a mesma que para qualquer outra partição criptografada. Uma coisa que você deve ter em mente: Você precisa criar uma partição / boot separada, que não deve ser criptografada.
Como sempre com perguntas sobre a instalação do Debian, eu me refiro à documentação realmente excelente do Debian. Os capítulos relevantes para você são: