(Nota: A última vez que lidei com este tópico foi há alguns anos atrás, então as versões mais recentes do navegador podem agora funcionar de forma diferente do que eu descrevi)
Outra razão pela qual as empresas (principalmente a Microsoft) estão fazendo isso é porque alguns arquivos baixados agora excedem 2 GB. Para referência, 2 GB (2147483648 bytes) é o limite superior de um inteiro assinado de 32 bits. A maioria dos navegadores, até mesmo o mais recente Firefox e IE, usa um inteiro de 32 bits assinado para representar o tamanho de um arquivo baixado. Quando o tamanho do arquivo excede esse número, todos os tipos de coisas estranhas começam a acontecer dependendo de qual navegador você usa. O Firefox, por exemplo, parece ser capaz de finalizar o download ok ... mas a janela de progresso fica louca com os números que estão sendo exibidos. O Internet Explorer é encerrado imediatamente e você acaba com um arquivo vazio. Não me lembro do que o Opera ou o Safari fazem. Em qualquer caso, os gerenciadores de downloads são uma maneira de garantir que os computadores dos usuários finais possam lidar com os grandes tamanhos de download.