Coloque-os onde quiser. Contanto que eles também sejam copiados em outro lugar, de preferência fora do local. A única coisa que se aproxima de uma "melhor prática" aqui seria colocar os backups em seu próprio sistema de arquivos, para que eles não preencham o sistema de arquivos raiz e causem problemas.
o backup deve estar em um sistema de arquivos separado, preferencialmente em LUN separado, para que possamos evitar o cenário de falha de disco.
A melhor prática é manter backups em um host separado ou na nuvem, você não mencionou o nome do banco ex: mysql, mongo etc, você pode copiar o backup diário e rsync para outro sistema que irá ajudá-lo a recuperar dados se o hardware falha e se o seu servidor hdd morrer se você mantiver os dados no mesmo servidor, você corre o risco de perder dados
Outra opção é adicionar dados ao armazenamento em nuvem, como AWS-S3 você pode experimentar o nível gratuito da AWS por um ano, o que inclui o S3, se os dados corresponderem ao tamanho do S3, você pode configurar os crons para carregar os dados diariamente usando o s3cmd nos sistemas linux
Ainda assim, se você quiser manter os dados em seu servidor interno, recomendo que você conecte uma unidade interna ou unidade portátil adicional ao servidor e mantenha os dados nessa unidade. No mínimo, há uma chance muito menor de que ambas as unidades falhem mesmo tempo
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