Sim, isso vai funcionar bem.
Mas eu recomendo separá-lo do DC. Configure uma VM como apenas um controlador de domínio e outra como o servidor de arquivos.
Também pode fazer sentido, dependendo do seu uso, dividir os compartilhamentos em vários VHDXs, porque grandes são mais demorados para se movimentar e não podem ser facilmente divididos entre dispositivos de armazenamento ou diferentes velocidades de discos físicos.