Does Configure then run between Setup and Deploy or after Deploy, when a new instance is spun up?
Nos meus logs do OpsWorks, parece que o configure é executado após a instalação, mas antes da implantação. Em geral, você deve usar isso para coisas que precisam ser feitas sempre que a instância é inicializada (por exemplo, atualizando um registro DNS, se você não usar um IP elástico). Lembre-se de que, a menos que seja uma instância com base no tempo, o OpsWorks não executará automaticamente uma nova implantação quando uma instância ficar on-line após ser interrompida (embora seja uma nova instância).
different recipe that would handle configuration changes based on a deployment?
Para a configuração de implantação específica do aplicativo (como definir permissões de arquivo, etc.), você deve usar Ganchos de implantação do Chef .