Eu tive um 9650SE-8i que quebrou. Liguei para a 3Ware e a senhora que atendeu o telefone me informou que a configuração da matriz estava armazenada nas unidades e que a conexão das unidades antigas a uma nova placa (idêntica ou da mesma linha) deveria funcionar.
Como as lojas locais não carregavam mais o 9650SE, obtive um 9750. Tenho o prazer de informar que as coisas realmente "funcionaram". Não consigo imaginar que um firmware diferente em uma nova 9650SE seja diferente.
Dito isto: Fazer um backup antes de fazer qualquer coisa é certamente a maneira mais segura. Mesmo que por nada mais que paz de espírito.