Envia para onde stdout é apontado para este processo. Uma maneira mais fácil é usar o jstack, que é fornecido pelo JDK. Com esta ferramenta, você pode simplesmente fazer:
jstack <pid> > thread-dump.out
Certifique-se de fazer isso como o usuário em que o processo está sendo executado.
O que é um dump de thread, é uma representação de captura instantânea de onde todos os encadeamentos atuais dentro desse processo Java estão ocupados na pilha. Existem ferramentas que permitem a análise mais fácil de dumps brutos, como VisualVM ou TDA.
É claro que é possível fazer isso periodicamente, basta colocar uma declaração como essa em um cronjob.