O mecanismo central do IE é usado por componentes do sistema e código de terceiros, mesmo que a interface principal do navegador seja desinstalada do sistema (você ainda pode fazer isso em 2008 R2?). Você não pode realmente se livrar dele sem entrar em uma invasão altamente sem suporte do sistema.
Sabendo disso, mantenho-o sempre atualizado em meus servidores, mesmo que nunca planeje usá-lo. A Microsoft não vai abandonar o suporte ao IE 8 por um tempo. Mas certamente acontecerá antes que eles descartem o suporte para o IE 9. Eu prefiro atualizar agora e lidar com quaisquer problemas em um período de tempo que eu possa controlar em vez de esperar até que eu seja forçado a atualizar e potencialmente tem que lutar contra incêndios no último minuto.