O ntpdate como cron job NÃO é um substituto para o ntpd, conforme indicado acima.
Se você está replicando essa configuração em vários servidores, por que você não apenas comenta as linhas no ntpd.conf que servem o tempo e remontam, ou usam algum gerenciamento de configuração como o fantoche para empurrá-lo para todas as caixas, uma vez que tenham um SO neles?