Discos diferenciais são uma maneira de "ramificar" várias VMs iniciando no mesmo lugar. Você configura um disco exatamente como deseja e começa a avançar com um disco "diferente", que literalmente mantém as diferenças entre o disco base e suas alterações.
O problema é que você tem que "congelar" o disco pai. Se você fizer alguma alteração no pai, o disco de diferença será torrado. A maioria das pessoas marcará pelo menos um disco de diferença pai como somente leitura (ou, melhor ainda, usará a segurança para impedir que alguém grave no disco).
Uma vez que você estragou tudo, não há como voltar atrás. Todas as crianças são inutilizáveis. A menos que você tenha um backup que restaure o disco pai ao seu estado original, você está sem sorte.