Tente fazê-lo novamente usando a ferramenta de migração do IIS, se puder. você encontrará gratuitamente em downloads.microsoft.com. Nós usamos isso com sucesso para migrar grandes quantidades de dados e configurações de iis para sites bastante grandes e complexos. Você também pode fazer o robocopy dos arquivos e usar a Ferramenta de Migração do IIS para as configurações do IIS de migração.
Se você quiser fazer isso manualmente, basta comparar as configurações do NTFS e do IIS entre o site antigo e o novo.
Verifique também todos os filtros ISAPI possíveis e / ou versões .Net para garantir que tudo seja o mesmo na caixa antiga e nova.