Existem duas abordagens que você pode fazer com isso:
O data warehouse SQL do Azure adota uma abordagem semelhante ao que você está fazendo agora, usando o SQL em execução da VM, mas que com o Armazenamento do Azure e uma camada de controle para ajudá-lo a distribuir seus dados por vários nós e vários locais de armazenamento. Ele também permite que você dimensione seu computador conforme exigido pela carga de consulta.
O Azure SQL Elastic Database usa o serviço de PaaS do Azure SQL, em vez de VMs, e trabalha com a fragmentação de seus dados em várias instâncias. Ele fornece bibliotecas de clientes e um mecanismo de tarefas para ajudá-lo a executar consultas sobre seus vários shards.