Você redimensionou a partição do Windows, especialmente a partição de inicialização do Windows durante a instalação do Ubuntu? Se assim for, isso pode ser a causa do problema. Eu tive esse problema com o Windows 7 em um sistema OEM depois de instalar o Ubuntu se eu excluí a partição de inicialização do Windows.
A inicialização a partir da mídia de instalação do Windows (DVD ou unidade flash USB com a imagem ISO do Windows gravada nela) e o uso de suas ferramentas de recuperação para executar o reparo automático podem ajudar.