Você está vendo isso porque uma transação anterior do yum, que estava tentando atualizar o ntp, foi interrompida no meio do caminho. Você é geralmente avisado da próxima vez que tentar usar o yum, você precisa executar yum-complete-transaction , mas você pode ser avisado apenas uma vez. Se você ignorar o aviso, acabará nessa situação.
Para resolver o problema, use o utilitário package-cleanup .
package-cleanup --dupes
mostra pacotes duplicados (o problema aqui)
package-cleanup --cleandupes
remove as duplicatas. Você pode querer que yum reinstall dos pacotes afetados tenham 100% de certeza.
package-cleanup --problems
mostrará outros problemas com o banco de dados RPM.