Sim, tive esse problema.
O suporte a MTP não é tão bom assim. Eu recomendo usar SSHDroid ou DroidNAS e conectar-se em protocolos mais "estáveis".
Se você realmente quiser usar o MTP. Em seguida, verifique se o nexus está ativado, com a tela ativada e não bloqueada. Se a tela estiver bloqueada, o acesso MTP será desativado.