A capacidade de recuperação será strongmente influenciada pelo subsistema de armazenamento subjacente. Use um arquivo VHD para a VM. Não há vantagem de desempenho em passar pelo próprio disco para a VM e você está à frente na capacidade de gerenciamento, flexibilidade, recuperação de desastre e backup com o VHD.
Se você armazenar os VHDs em armazenamento confiável (um cluster de servidor de arquivos, uma SAN etc.), poderá recriar a VM independentemente do que aconteça com o host do Hyper-V. Literalmente não importa se o anfitrião pegar fogo e derreter. Se você também armazenar a configuração da VM, não precisará recriar a VM.
Se você armazenar a VM e seus VHDs no armazenamento local no host do Hyper-V, o que acontece quando o host morre depende muito de levar os discos com ele quando ele é interrompido. Um pico de energia que frita a placa-mãe também pode fritar os discos. Então você perdeu tudo desde o último backup.
Se você não tiver algum tipo de armazenamento confiável, analise a Réplica do Hyper-V para sua VM do servidor de arquivos. Use outro host para proteger contra a falha do host principal.