Meu palpite (e isso é uma punhalada no escuro com essa quantidade de informação) é que um cron funciona na mesma hora todos os dias e usa um monte de memória, então o Linux mata algum outro processo que está usando muita memória.
Verifique seus registros em oom-killer
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Quanta memória RAM você tem? Quanto o MySQL usa? O que mais está sendo executado na caixa?