Soudns quebrado. Eu pararia de usar aplicativos de thread único nesse ponto e tiraria um teste de desempenho padrão.
Não há nada no servidor do Windows que o torne mais lento em grande parte. Não tenho certeza que diferença você viu - um "fator de 1,5" não é muito claro. quer dizer 1 segundo e 1,5 segundo no servidor?
Retire os serers, execute os testes de desempenho da CPU em ambos. Você pode achar que seu desempenho é diferente. Não vejo nada em um servidor de estoque causando isso.