Eu posso estar enganado aqui, mas eu acredito que você precisaria ter o seu manuscrito abrindo e escrevendo no arquivo de log que você está esperando. O Apache não captura o stdout do seu script e o coloca no arquivo de log.
Eu não executo meus próprios scripts personalizados com logs canalizados, mas eu uso rotatelogs e você tem que dar o caminho para o arquivo de log para escrever. Tais como:
CustomLog "|/usr/sbin/rotatelogs /var/log/httpd/ssl_access_log 86400" common