Os tempos limite dos comandos são sempre definidos pelo cliente. Normalmente, isso é configurado quando a conexão é criada e, às vezes, o valor é extraído de um DSN, um arquivo INI ou algo semelhante para permitir a reconfiguração sem precisar recompilar o software cliente.
O "Tempo Limite de Consulta Remota" que você verá pelo SSMS destina-se a controlar o tempo limite do comando para consultas que a instância do SQL Server envia a outros mecanismos de banco de dados, não para controlar o tempo limite para consultas enviadas a ele. O "Tempo limite de login remoto" é semelhante, mas se aplica à quantidade de tempo que um SQL Server tentará fazer login em outra instância, seja SQL Server, Oracle ou outra coisa.