Você copia no explorador? Eu diria que as falhas de 6000 páginas indicam um problema sério no gerenciamento de memória - possivelmente buffers de arquivos usando muito espaço, começando a trocar. Não tenho certeza de como o seu arquivo temporário está relacionado aos discos, mas pode ser que você exagere os discos sem fazer um trabalho real.
O Server 2008 está tendo este problema antigo do Windows Vista, o IIRC, de ser muito agressivo com o armazenamento em cache em cópias de disco - tente ir para um sistema operacional atual (2008 R2), que deve consertá-lo.
Software ou hardware RAID 5? Você sabe que, para um armazenamento de arquivos grande, faz sentido fazer formatação otimizada, já que as configurações padrão do NTFS resultam em muitas IOs divididas? Qualquer motivo você tem tão pouca memória RAM na máquina? Quero dizer - 2gb soa como um brinquedo para mim, então a menos que seja uma pequena caixa NAS dedicada, para que serve? Definitivamente não está executando máquinas virtuais;)