Tivemos o mesmo problema com um backend perl. Estou procurando os documentos que me apontaram @ a solução. Em última análise, tinha a ver com o gzip tentando comprimir o documento inteiro para calcular o tamanho do conteúdo.
Tivemos alguns scripts de longa duração que arruinaram a experiência do usuário - em vez de obter a saída incrementalmente, eles estavam esperando por 2-3 minutos sem atividade!
Atualização:
Temo que não consiga encontrá-lo. Revendo nossos logs de atividades, parece que eu simplesmente os desativei em nosso servidor web, então movi um frontend baseado em nginx por este e outros motivos (ele irá gzip com codificação em pedaços sem ter que enviar o tamanho do conteúdo)
Tente fazer o upgrade para o Apache 2.2, as versões mais recentes do apache lidaram com a coisa chunked / gzip muito melhor.