Isso aconteceu comigo também quando instalei o CF9 no MAMP (não no MAMP Pro) no modo multi-servidor (eu já tinha o CF8 instalado e então eu gerava o EAR para o CF9 e o adicionava ao JRun).
No meu caso, tenho certeza que o motivo é que tentei instalar a versão de 64 bits do CF9. Eu li em algum lugar que o Apache que vem no MAMP só é executado no modo de 32 bits e, portanto, não é possível carregar a versão de 64 bits do mod_jrun.so. Quando desinstalei o CF9 (e também certifiquei-me de que o mod_jrun.so foi excluído) e reinstalei a versão de 32 bits, tudo estava bem.
Eu não tenho certeza se isso irá ajudá-lo, já que você afirmou que também está tendo esse problema com a versão de 32 bits. Mas eu acho que eu teria certeza que o mod_jrun.so é deletado antes de reinstalar. Boa sorte!