Seu servidor está ficando sem memória tão mal que ele precisa começar a matar aleatoriamente os processos para sobreviver.
Você pode obter mais RAM ou reduzir o valor que está usando. O comando 'top' mostrará todos os processos em execução e quanta memória eles estão usando. 'free -m' mostrará quanta RAM você tem e quanto está usando. Remova processos e serviços de que você não precisa.
O MySQL pode ser ajustado para usar menos memória RAM ao custo de armazenamento em cache menor e menor velocidade. Há muitos guias sobre quais opções definir e seus efeitos. O Apache ou a maioria dos outros serviços que estão em execução terão guias semelhantes para ajustá-los para sistemas com pouca memória, quando necessário - novamente com frequência a um custo de desempenho.