Você não pode fazer isso diretamente: o gerenciador de credenciais não é projetado para servir pares de chaves privadas / públicas, mas para armazenar senhas.
Você pode, no entanto, criar uma solução alternativa: obter o keepass 2 e a extensão "Keeagent". remover o concurso, pois ele entrará em conflito com o keeagent.
Quando os dois estiverem instalados e em execução, crie um banco de dados e vincule-o à sua conta de usuário atual.
Depois disso, crie uma nova entrada no keepass, adicione o arquivo de chave privada como anexo a essa entrada, use a senha da chave privada como a senha da entrada e defina seu nome de usuário nix como nome de usuário. Em seguida, vá para a guia KeeAgent da entrada e ative-a no agente.
Você está feito. Quando você se conectar a um sistema que usa agentes (putty, principalmente), será solicitada a senha do banco de dados keepass, que na verdade é apenas a conta do usuário: basta pressionar enter e você estará em.
Tenha o cuidado de manter um backup seguro da chave, no entanto, uma vez que você perderá o acesso a ela se precisar excluir sua conta de usuário do Windows.
Naturalmente, seria muito mais seguro (e um pouco mais flexível) proteger o banco de dados keepass com uma senha e um arquivo de chave. Se você estiver disposto a fazê-lo, você será capaz de usá-lo para todas as suas senhas (pessoalmente, depois de seguir essa estrada anos atrás, eu não consigo me imaginar voltando).