Você pode tentar desta maneira:
Para desabilitar as atualizações automáticas do repositório "your_repo" (a partir do qual você não deseja que o pacote seja atualizado automaticamente), adicione um arquivo /etc/apt/preferences.d/your_repo com o seguinte conteúdo:
Package: facter*
Pin: release n=repo
Pin-Priority: 50
Isso dará aos pacotes facter * deste repositório uma prioridade menor do que os pacotes já instalados (que possuem 100).