Você já revisou seus logs do IIS quando isso ocorre? Esse pode ser o primeiro lugar para começar.
Isso pode ser causado pelo término ou dificuldade do pool de aplicativos devido a muitos erros. Se você acessar as configurações avançadas do pool de aplicativos, haverá uma seção de proteção contra falhas rápidas.
Você pode aumentar o intervalo de falhas e também as falhas máximas (a quantidade de falhas permitidas nesse intervalo), mas isso não resolverá seu problema, mas pode impedir que a frequência ocorra.
Na seção de reciclagem, você também pode forçar o pool de aplicativos a reciclar automaticamente em intervalos especificados, mas isso pode causar perda de dados na sessão e redefinir alguma coisa para os usuários finais. Isso também só pode ajudar a interromper a frequência, mas não o problema básico do problema.
A melhor coisa a fazer é descobrir por que está parando. Se este é um aplicativo asp.net, você pode executar uma ferramenta como elmah para registrar todas as suas exceções que estão ocorrendo em seu aplicativo e trabalhar para consertá-las.