A documentação explica como redefinir a senha de root . O resumo é criar um arquivo contendo instruções SQL para definir a senha:
UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('MyNewPass') WHERE User='root';
FLUSH PRIVILEGES;
Em seguida, pare mysqld
e inicie-o manualmente novamente, mas avisando para executar este arquivo SQL:
sudo -u mysqld mysqld_safe --init-file=/home/me/mysql-init